Muchas de las propiedades necesarias para el crecimiento del cafeto es absorbida por malezas que no permiten su desarrollo. Generalmente las parcelas de café necesitan dos limpias por año, esto dependerá de las zonas. Es decir, en parcelas con clima húmedo el crecimiento de la maleza es acelardo, por lo que es recomendable realizar dos limpias por año. En zonas con clima seco, con una limpia es suficiente.
Otro evento importante es el proceso de fumigación. Este proceso se realiza como precaución para las plagas más comúnes como la roya. El fungicida aplicado es Oxicloruro de cobre, 100% orgánico y aceptado por las certificadoras.